La Génétique !
C’est l’heure de retourner à l’école ! Avec cette petite série de mysteries, il va falloir sortir les vieux manuels et faire chauffer les neurones pour faire honneur à toutes ces disciplines scolaires plus ou moins traditionnelles. Attention, les boîtes sont posées sur le campus, en fonction de l'heure et de la période, il peut être très fréquenté. Soyez très très discret pour la survie de ces caches et évitez les périodes d'affluence molduesques !
Bienvenu en TP de génétique ! Vous n’ignorez sans doute pas que les les géocaches sont des êtres vivants. Elles éclosent dans l’esprit plus ou moins tordus des poseurs, maturent un petit peu avant de s’accrocher à un PZ comme une moule à son rocher. Elles voyagent normalement peu et vivent une vie plus ou moins tranquille et camouflée faite de logs et de PFs. Elles se reproduisent en essaimant des idées chez d’autres géocacheurs. Pour mieux comprendre ces êtres méconnus du grand public, nous allons étudier leur ADN.
Pour cela, un prélevement à été fait sur une géocache, vous avez donc sur vos paillasses un tube d’ADN extrait d’un logbook humide. Ce tube est concentré à 10 µg/mL. Voici le protocole d’étude :
- Prélevez un volume V (en µL) à diluer dans de l’eau afin d’obtenir une concentration C de 4480 ng/mL dans un tube de 2 mL
- Scindez ce tube en deux tubes de volumes égaux, conservez en un au congélateur à -20°C en sauvegarde, nous allons travailler sur le second tube.
- Contrôlez au spectrophotomètre la quantité d’ADN dans votre tube (en ng), vous devez avoir un checksum de 7.
- Centrifugez le tube de travail en utilisant la centrifugeuse, prévoyez 2 cycles de 2 minutes à 8000 rpm. Appliquez la modification à la quantité d’ADN présente dans votre tube.
- Vous pouvez ensuite passer votre tube dans le thermocycleur, avec 30 cycles d’amplification à 62°C. Appliquez également le coefficient à la quantité d’ADN.
- Récupérez le résultat de l’amplification de l’étape 5, puis lancez vous dans le séquençage à l’aide du séquenceur évidemment. Vous utiliserez une flowcell MidSize, en paired-end 2x150 pb. Notez scrupuleusement la quantité de données informatiques générées (Q) en Go, qui est égale à la quantité d'ADN en ng modifiée par le coefficient du séquenceur.
- Faites-vous un café, vous n’avez plus qu’à attendre les résultats !
Si par hasard vous voulez partir chercher une géocache en attendant l’analyse bio-informatique, ça tombe bien, il y en a une pas très loin du laboratoire, les coordonnées sont N 46° 33.V+1 E 000° 22.Q-7.
Attention pour les minimoys, la cache est relativement haute, venez accompagné et / ou équipé.
Ah oui, j'oubliais, vous avez évidemment accès à tout le laboratoire : 