A escola foi criada pelo Decreto-Lei nº 260-B/75 de 26 de Maio, entrando em funcionamento no início do ano letivo de 1975/1976. Ocupou as instalações sitas na Rua Heróis 25 de Abril, funcionando em 11 pavilhões pré-fabricados de um piso e de um edifício antigo destinado aos serviços administrativos.
Em Abril de 1992, na reunião do conselho pedagógico, é dado a conhecer a circular 6/93, a qual referia a obrigação de se atribuir um nome à escola. Maria de Jesus Cachulo, presidente do conselho executivo de então, referiu que o órgão possuía como proposta para tal facto o nome de Martinho Árias, como símbolo de afirmação e vontade de autonomia de um povo. Após várias reuniões entre a Escola e a Câmara Municipal de Soure, chegou-se a um consenso sobre o nome: Martinho Árias. Esta denominação foi dada à escola em despacho (12 422) a 11 de Novembro de 1997.
Em 2004/2005 a Escola Secundária Martinho Árias muda para as atuais instalações, na Quinta das Nogueiras, sendo composta por 3 blocos e tendo sido inaugurada no dia 5 de Janeiro de 2005, embora já estivesse em pleno funcionamento desde o dia 15 de Novembro de 2004.
Esta escola (ou o que resta dela), ainda hoje traz memórias àqueles que por lá passaram, quer alunos, quer professores ou funcionários.