A Rota da Biodiversidade da Penha é um percurso pedestre linear que tem aproximadamente 4 km entre os 310m e os 595m. O ponto de partida é a Academia de Ginástica ou o Hotel da Penha.
Esta Rota visa contribuir para a promoção e conservação da biodiversidade e dos valores culturais, estéticos e paisagísticos da Montanha da Penha, bem como para a manutenção da presença harmoniosa do Homem e das suas atividades.
Na Montanha da Penha foram identificados 10 habitats protegidos.
Na Rota da Biodiversidade, destacamos o louriçal por ser um habitat de conservação prioritária. No entanto, todos os tipos de habitat presentes nos biótopos florestais naturais e seminaturais possuem interesse de conservação.
No que diz respeito à flora e fauna da Montanha da Penha, foram já identificados mais de 320 táxones de flora vascular, a grande maioria nativas, e mais de 120 espécies de vertebrados terrestres.
Entre as espécies de animais selvagens que podem ser avistadas na Rota da Biodiversidade, destaca-se a riqueza de aves típicas de bosques e áreas florestais, que incluem espécies com elevado estatuto de ameaça em Portugal como o búteo-vespeiro, o açor, o noitibó-cinzento ou o tordo-pinto.
Todo o mobiliário urbano ao longo da Rota da Biodiversidade da Penha foi produzido com plástico 100% reciclado, no âmbito do projeto Aqualastic, do Laboratório da Paisagem, com o apoio do Fundo Ambiental.