In der Edendorfer Chronik von Johann Rathmann heißt es auf Seite 72: „Trifft es zu das Edendorf bereits im neunten Jahrhundert besiedelt gewesen ist dann müssen Christen von dort jahrhundertelang zur Kirche und zu ihrem Friedhof nach Heiligenstedten gegangen sein.“
Erst das rasche Anwachsen der Bevölkerung nach der Eingemeindung des Dorfes in die Stadt Itzehoe im Jahre 1963 führte auch zu Änderungen in der kirchlichen Struktur dieser Region. Seit 1974 gibt es eine eigene Kirchengemeinde, die ihre Gottesdienste, den Konfirmandenunterricht und Kinderstunden in der alten Edendorfer Schule durchführte. Auch das nahe katholische Gemeindezentrum St. Klemens, das heute zu einem Hospiz umgebaut wird, durfte zunächst mitbenutzt werden.
Ihr eigenes Gemeindezentrum mit Pastorat, das diesen Cash beherbergt, konnte die junge Gemeinde erst 1977 einweihen und nutzen. Es dauerte weitere Jahre bis der ursprüngliche Gemeindesaal zu einem ansprechenden Gottesdienstraum umgestaltet wurde.
Die offizielle Bezeichnung der Gemeinde lautet: „Ev.-Luth. Thomas-Kirchengemeinde Itzehoe“.
Namensgeber war der Apostel Thomas, der gemeinhin als der ungläubige Thomas bekannt ist. Thomas blieb nicht ungläubig. Von ihm kommt das schöne und kurze Bekenntnis Jesus gegenüber: "Mein Herr und mein Gott".