L'eau est un élément essentiel du paysage nivernais et Cercy-la-Tour en est une vitrine fidèle.
La commune profite, en effet, d'un réseau hydrographique généreux qui représente un atout majeur dans l'attractivité de la ville.
Elle est, en effet, traversée par la rivière Aron et ses affluents l'Alène et la Canne ainsi que par le canal du Nivernais.
Ce dernier se jette dans l'Aron avant de reprendre son cours pour permettre aux bateaux d'accoster.
Des ouvrages hydrauliques spécifiques ont été construits, à savoir une écluse et des portes aux extrémités du canal ainsi qu'un barrage de régulation du plan d'eau sur l'Aron.
Les berges du canal sont surélevées par rapport au terrain naturel faisant rempart aux écoulements en crue de l'Aron.
On notera également que l'Alène se scinde en deux bras juste avant sa confluence avec l'Aron, le bras gauche ayant servi par le passé à l'alimentation d'un moulin.
Cette configuration apporte à la commune un intérêt particulier en terme de qualité paysagère et d'attrait touristique et en fait une étape incontournable sur l'itinéraire cyclable du département par la vélo route le long du canal du nivernais.