Znotiņu baznīca ir pārbūvēta no bijušās Znotiņu muižas labības kaltes. Sākotnēji, pēc Pirmā Pasaules kara, notiekot agrārreformai un sadalot Znotiņu muižu, tika nolemts muižā un tās saimniecības ēkās izveidot vidusskolu, bet tā kā tai bija neizdevīgs ģeogrāfiskie apstākļi, bet toreizējais Vārkavas pagasts, kura teritorijā atradās muiža, viens nespēja uzturēt skolu, minētās ēkas palika novārtā. Daudzi iedzīvotāji izteica vēlēšanos labības klētī un smēdē iekārtot baznīcu, tāpēc ka tuvākie dievnami atradās tālu. 1925. gadā Vārkavas draudzes vikārs griezās ar lūgumu Vārkavas pagasta valdē ar lūgumu par ēku piešķiršanu baznīcas iekārtošanai un tā piekrita Znotiņu katoļu draudzei piešķirt muižas labības kalti un smēdi. Vārkavas draudzes vikāra Antona Rukmaņa vadībā 1926. gada septembrī sākās pārbūves darbi. Vēlākos gados baznīca tika pārbūvēta un apšūta ar sarkanajiem ķieģeļiem. Padomju varas gados baznīca palika novārtā, taču, atgūstot neatkarību, draudzes darbība ir aktivizējusies, dievnams sakopts un atjaunots.