La commune d'Armbouts-Cappel partage avec sa voisine Steene le hameau du Grand-Millebrugghe, coupé en deux par le canal de la Haute Colme.
Elle se situe à 7 kilomètres de Bergues, à 9 kilomètres de Dunkerque.
Armbouts-Cappel signifie Chapelle d’Erembaud, Erembaud étant le seigneur de Bruges . La commune Capella Erembaldi, est citée en 1067 dans une charte de Baudouin, comte de Flandre, en faveur de l'abbaye de Saint-Winoc de Bergues. En 1191, la comtesse de Flandre Mathilde de Portugal approuve un accord passé entre l'abbaye et un dénommé Eustache le Grand au sujet de la dîme d'Arembouts Cappel.
Armbouts-Cappel dépendait de la châtellenie de Bergues et du diocèse d'Ypres après avoir fait partie du diocèse de Thérouanne.
En 1658, après la bataille des Dunes remportée par Turenne, Dunkerque devient anglaise. La possession anglaise recouvre non seulement la ville de Dunkerque mais aussi des territoires dont certains jusque là relevaient de la châtellenie de Bergues : Mardyck, Grande Synthe, Petite Synthe, une partie d'Armbouts-Cappel, Cappelle la Grande, une partie de Coudekerque, Téteghem, Uxem, Ghyvelde, Leffrinckoucke, Zuydcoote. En 1662, Louis XIV rachète ce territoire aux Anglais, une partie d'Armbouts-Cappel devient donc française, le reste est espagnol jusqu'en 1668 et le traité d'Aix la Chapelle où la France récupère la Flandre.
En août septembre 1793, Armbouts Cappel se retrouva prise pendant quelques jours dans les combats opposant les ennemis coalisés à la République française. L'ennemi voulait prendre Dunkerque et dans cet objectif assiégeait également Bergues. Les combats et/ou présence de troupes concernèrent les villages environnants dont Armbouts-Cappel. Le village fut également touché par l'inondation du pays en eau de mer, provoquée par les Français afin de mieux résister en gênant les mouvements des armées assaillantes. L'affaire prit fin avec la Bataille d'Hondschoote, victoire française qui amena l'ennemi à quitter la région.
En 1862, un tremblement de terre, rapporté par le curé du village et autres chroniques paroissiales, a lieu à Armbouts Cappel et les environs.
Le village, situé sur la ligne de défense sud du port de Dunkerque, a été détruit pendant la seconde guerre mondiale de même que l'église avec sa tour carrée d'époque et de style roman avec ses chaire et confessionnal datant du xviiie siècle. Ces destructions valurent au village de recevoir la croix de guerre 1939-1945.
Dans les années 1970, il était desservi par la ligne d'autobus Dunkerque à Saint-Omer.