Začiatkom 16. storočia patrila časť obce k stupavskému panstvu, časť vlastnili marianskí paulíni. Keď Gašpar Szerédy dostal do vlastníctva stupavské panstvo od uhorského kráľa Ferdinanda I., Záhorská Bystrica sa stala trvalou súčasťou stupavského panstva. Ako jednu z prvých obcí ju postupne začali osídľovať kolonisti z Chorvátska, neskôr roľníci z Moravy, Rakúska a zo susedných panstiev. V daňovom súpise z toho obdobia sa Záhorská Bystrica označuje ako Bystricz, dedina Slovákov a Chorvátov.
V rokoch 1624-1752 bola Záhorská Bystrica farnosťou aj pre obyvateľov Lamača, čo znamenalo zblíženie oboch dedín napriek tomu, že mali rôznych zemepánov. V 18. storočí obec získala povesť najbohatšej dediny záhorskej časti Bratislavy. Mala nielen veľký počet obyvateľov (1503), ale aj významnú poľnohospodársku produkciu. Umožňovali to priaznivé pôdne a klimatické podmienky, vhodné na pestovanie rôznych plodín. Bystričania boli známi jej pestovaním a predajom v Bratislave a vo Viedni. Poľnohospodárstvo a chov hospodárskych zvierat bol v období súkromného hospodárenia hlavným zdrojom obživy. Známe sú najmä špeciálne pestované zemiaky – kifle (rohlíčky) a samozrejme výborná kapusta – zelé. V okrajových častiach chotára – Strmé vŕšky, Dievčí hrádok, Boháčky, Kerepušky, Piesky, Vrchná a Dolná hora sa pestovalo ovocie a vinič.
Záhorská Bystrica bola v roku 1972 pričlenená k hl. mestu Bratislava za účelom rozvoja hlavného mesta smerom na severozápad. Začala tak jednu z najvýznamnejších udalosti svojich dejín a v dnešnej dobe sa rýchlo rozrastá modernou výstavbou. Katastrálne územie svojou rozlohou predstavuje štvrté najväčšie územie spadajúce pod mesto Bratislava. Vyznačuje sa svojím trojuholníkovým tvarom. Sídli tu aj jedna komerčná televízia.
Z historických pamiatok sú významnejšie baroková fara, rímskokatolícky kostol svätého Petra a Pavla apoštolov z roku 1834 a kaplnky svätého Jána Nepomuckého z roku 1896, Panny Márie Lurdskej z roku 1913, svätého Kozmu a Damiána z roku 1839 a kaplnka svätého Vendelína. Ďalej k nim patrí tradičná architektúra v podobe malých modrých sedliackych domov.
Bratislavský lesopark, pútnické miesto Marianka, ale aj neďaleký hrad Pajštún sú skvelým miestom na turistiku či bicykel v prekrásnom lesnom prostredí. Na svoje si určite prídu milovníci vína či piva, chutnej kávy alebo tradičnej domácej kuchyne.