Armação de Pêra desenvolveu-se a partir de uma pequena comunidade piscatória, cuja primeira referência escrita conhecida remonta a 1577 na obra Corografia do Reino do Algarve, de Fr. João de São José; que ao descrever a aldeia de Pêra observa o seguinte: "Pera é um lugar junto de Alcantarilha, não longe do mar. [...]. Faz o mar defronte dela ua fermosa praia da banda do sul, na qual está ua armação de atuns que se chama a armação de Pera." (S. JOSÉ, imp. 1983, p.58). Durante o século XVII foi construída uma Fortaleza, em 1667, para protecção dos piratas e corsários que poderiam atacar as armações de atum. Por volta de 1720 é construída, dentro da fortaleza, uma ermida em invocação ao padroeiro do forte. Essa capela sobreviveu até aos nossos dias e é hoje conhecida como a Capela da Nossa Senhora dos Aflitos.
