El Estero de Domingo Rubio es uno de los cauces de la red de drenaje de las marismas del Río Tinto. La mezcla de ambientes dulces y salados de este paraje da lugar a uno de los ecosistemas más atractivos del litoral de Huelva.

La desembocadura de los ríos Tinto y Odiel y la dinámica litoral constituyen un sistema complejo de estuario de formación reciente, que tiene como resultado una marisma surcada por una tupida red de drenaje de canales, caños y esteros de diferentes tamaños. Dicha red está en continuo proceso de cambio, tanto por los agentes naturales como por la intervención del ser humano.

El agua de las mareas que circulan por el estero, las que llegan desde los ríos y los materiales que traen ambos consigo, se depositan y modelan en este espacio marismeño tan dinámico. Estos procesos están provocando su colmatacion, que finalizará con la total sustitución del Estero por una marisma. Desde hace unos años este proceso se está viendo acelerado por las recientes actividades agrícolas (cultivos bajo plástico) que se extienden hasta el mismo borde del estero. De este espacio también se extrae el agua para el riego, alterando con ellos su alimentación natural. Pese a todo, el estero aún tiene un gran valor ecológico y paisajístico, y sobre todo es un lugar ideal para la observación de aves.

El estero tiene tres zonas geográficas bien delimitadas en las que se observan diferentes tipos de aves: zona de marismas, tramo medio y cabecera.

En la primera, más cercana a su desembocadura al río tinto, domina la marisma, en la que predominan comunidades halófitas, con alta resistencia a los suelos salinos. Destacan los almajos, entre los que se pueden ver algunas cigüeñuelas.

En el tramo medio, con aguas un poco más dulces, abundan islotes de vegetación de juncos, eneas y castañuelas. Entre estas se pueden observar, en invierno, gran cantidad de aves acuáticas como patos cuchara, anades silbones..., o en primavera, a fochas que crían en este tramo del estero.

La cabecera es la parte más dulce por el aporte de las aguas de lluvia que traen los arroyos. Aquí se desarrolla un denso masegal y anidan calamones y avetorillos.