Le lieu est occupé depuis longtemps : on a retrouvé des cercueils mérovingien lors de la pose d'égouts, et la chronique de l'abbaye de Bèze cite le don par Amalgaire de la villa Alteriacum à l'abbaye en 630. La famille de Vergy prend possession d'Autrey grâce au mariage de Guy de Vergy avec Alix de Beaumont.
À la fin du XIIe siècle, les templiers y possédaient une maison qui dépendait de la commanderie de La Romagne, cette maison revenant aux Hospitaliers après le procès de l'ordre du Temple[3].
L'abbaye Saint-Étienne de Dijon transfére au début du XIIIe siècle son prieuré de Vertfontaine en ce lieu à la suite d'un traité de pariage signé avec les seigneurs de Vergy.