La première église de Mougon a été édifiée au Vème siècle, vraisemblablement sur les ruines d'un temple romain. Détruite par un tremblemet de terre au VIème siècle, elle a été reconstruite, plus petite, au XIème siècle.
Désaffectée à la fin du XIXème sièclle, elle est tombée en ruine en 1916 après l'écroulement du clocher lors d'un violent orage.
Les ruines de l'église ont été inscrites à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques le 5 juin 1962. Elles ont fait l'objet de plusieurs campagnes de fouilles, des sarcophages ont été découverts, et l'observation des murs permet de retracer les différentes époques de construction.
Accolée aux ruines, la chapelle funéraire (XVIIème siècle) de la famille de Quinemont, seigneurs de Paviers jusqu'à la Révolution française.