Pont-Saint-Martin tire son nom de saint Martin. La légende veut que saint Martin ait construit un pont, chevauchant la rivière de l'Ognon, sur le territoire de la paroisse de Pont-Saint-Martin.
La paroisse de Pont-Saint-Martin a été fondée, semble-t-il, au VIème siècle. A cette époque, Saint-Martin était chargé par l'évêque de Nantes Félix d'évangéliser la région d'Herbauges (cité "engloutie" pour n'avoir pas écouté le moine). Une bulle du pape Alexandre III, de 1179, énumère la paroisse de Pont-Saint-Martin. Sous l'impulsion des monastères de Villeneuve et des Couëts, la paroisse est défrichée pour la culture de la vigne qui couvre aujourd'hui 250 hectares (Muscadet, Gros-Plant et Gamay).
Pont-Saint-Martin est le siège d'une châtellenie qui appartient en 1459 à Guy de Laval. Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Pont-Saint-Martin est sous la juridiction des châtellenies des Huguetières (sud-rivière) et de Châteaubriant (nord-rivière) réunies, dont le siège est le château du Plessis. Ce château est vendu avant la Révolution à Nicolas Roche qui érige la seigneurie de Pont-Saint-Martin. Les religieuses des Couëts et les moines de l'abbaye de Villeneuve possèdent également quelques métairies (Vincée, Frély, Ménantie, …).
En 1689, le vicaire de la paroisse de Pont-Saint-Martin se charge d'instruire les garçons (Livre des visites pastorales – Archives départementales, G 54).
Pendant les guerres de Vendée (1793-1794), la commune de Pont-Saint-Martin perd 18% de sa population. Dans la nuit du 8 juin 1832, Kersabiec donne refuge dans sa demeure de la Haute-Ménantie, à la duchesse de Berry.