Après le siège de la célèbre bataille opposant Vercingétorix à Jules César à Alésia en - 52 avant J.-C., l'oppidum n'a pas été abandonné et s'est progressivement romanisé.
Les ruines présentes autour de cette cache appartiennent au centre administratif et religieux de la petite ville d'Alésia, capitale des mandubiens.
C'est sur ce plateau, à partir de 1861, que les fouilles ont débuté sous la direction de Napoléon III. À la suite de ses découvertes, il entreprendra la rédaction d'un ouvrage intitulé "Histoire de Jules César" où il décrira les événements des principaux lieux de combats par la recherche archéologique. Pour mener à bien ses recherches, l'empereur confie les travaux au baron-colonel Eugène Stoffel, polytechnicien et officier d'artillerie. D'importantes fouilles financées sur la cassette personnelle de l'empereur sont réalisées à Alise-Sainte-Reine. Des vestiges romains sont retrouvés dès les premiers jours.
Fortement arasés par des siècles de culture, les vestiges mis au jour matérialisent les fondations de monuments et d'habitations appartenant à différentes époques. Les murs découverts ne sont pas tous visibles aujourd'hui, dans un souci de protection et de lisibilité du plan des monuments.
À partir de 1905, les fouilles menées par la Société des Sciences de Semur ont porté sur environ 1/6ème du plateau, le secteur visitable ne représente que la moitié de ces fouilles.
Aujourd'hui encore, le site d'Alésia reste un foyer de recherches très actifs. Depuis 1990, le site reçoit des étudiants de l'Université de Bourgogne dans le cadre d'un chantier-école. L'Université de Paris I-Sorbonne s'y est adjointe en 2010, en relation avec l'Université de Bologne. Les recherches entreprises sous cette bannière universitaire concernent principalement les sanctuaires.
Vieille tradition à Alésia, les prospections aériennes se poursuivent et restent fructueuses. En 2011, le Conseil général de la Côte-d'Or et l'UMPR 5594 de l'Université de Bourgogne ont piloté un programme de prospection de type Lidar qui prend en compte l'ensemble du site. Il vient fournir une imagerie qui vient compléter les vides laissés par les prospections aériennes.
Le site d'Alésia a été identifié de façon certaine en 1839 à la suite de la découverte d'une pierre où était inscrit en caractères latin :
"Martialis, fils de Dannotalos a offert à Ucuetis ce bâtiment, et cela, avec les forgerons qui honorent Ucuetis à Alise".