Au moyen-âge, la place publique de Vernaison était située près du château et de l'église.
Fondateur du village de Vernaison, où l’abbaye d’Ainay possède le prieuré, Johan Rufus, 29ème abbé d’Ainay, y fait bâtir en 1213 un castel, en bordure du Rhône. C’est une forteresse avec des fossés et une enceinte constituant le vingtain permettant de mettre à l’abri toute la population du bourg. En contrepartie, les habitants contribuent à sa construction et à son entretien par un impôt du ‘’vingtième’’, d’où le nom de vingtain. Au nord, un pont-levis enjambe le fossé et conduit à une porte d’entrée à arcade. A la fin du XIV ème siècle, pendant la guerre de Cent-Ans, le bourg s’étant développé, le vingtain est agrandi pour être en mesure d’accueillir la population et le bétail. Le logis flanqué d’une tour appelée donjon, ainsi qu’une enceinte sont ajoutés.
Dès 1411, des maisons sont construites, s’appuyant sur le mur d’enceinte, à l’extérieur du nouveau vingtain. Au début du XVI ème siècle, une longue maison est érigée parallèlement au logis. Elle deviendra en 1569 la résidence du seigneur, Jehan Carles, et prendra le nom de fief de Vieux-Bourg.
Les bâtiments décrits ci-dessus ont été constamment transformés au cours des siècles. Il faut beaucoup d'imagination pour reconnaître aujourd'hui l'architecture du château médiéval. Les bâtiments du vingtain, du logis et du fief de Vieux-Bourg ont été reliés par des structures intermédiaires, le tout formant un ensemble qui constitue actuellement la maison de retraite des sœurs Saint-Joseph.
Face au vingtain, s’élevait l’église romane, construite au XII ème siècle, et dédiée à Saint-Denis et Saint-Blaise.
Au milieu du XIX ème siècle, devenue trop petite pour la population de fidèles, il est décidé en 1869 la construction d’une nouvelle église. Conçue par l'architecte Farge, elle sera consacrée en 1873. Le clocher sera achevé en 1884. Cette église surplombe la nouvelle place du village.
A partir de cette date, l’église romane est désaffectée et son état se dégrade. Pendant près de cent ans elle va servir de remise au matériel des pompiers, abriter les bateaux de joutes et même le corbillard.
Sa démolition a lieu en mars 1962. Un cercueil de plomb sera alors découvert dans la crypte seigneuriale, contenant le corps momifié d’un très jeune enfant, vraisemblablement celui de Marie Loubat-Carles, inhumée le 12 mars 1666 à Vernaison, fille du seigneur de Vieux-Bourg.
Une maison s'élève maintenant à l'emplacement de la petite église romane. La comparaison des photos semble montrer que les murs de l'église ont été conservés dans le bâtiment actuel. Seul, le clocher aurait été abattu.
Informations et illustrations extraites des ouvrages du père Louis Vignon : Annales d'un village de France, CHARLY-VERNAISON en Lyonnais.
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