La commune fut créée en 1877 par détachement de la commune de Petite-Synthe (commune aujourd'hui disparue, car fusionnée avec Dunkerque en 1972). Elle doit son nom à l'estaminet qui se trouvait à l'entrée de la ville : « le Saint Pol » ainsi baptisé en mémoire du Chevalier de Saint-Pol-Hécourt, compagnon du fameux corsaire dunkerquois Jean Bart. En 1889 on ajouta « sur Mer », cela avant que Dunkerque n'achète en 1912 les terrains situés en bord de mer pour agrandir son port.
Le 19 décembre 2003, les conseils municipaux de Dunkerque et Saint-Pol-sur-Mer ont délibéré en faveur d'une fusion-association qui créerait une nouvelle entité de 94 187 habitants. Bien que cette procédure ne soit pas encore obligatoire (elle l'est devenue depuis le 1er janvier 2005), le préfet a exigé un référendum auprès de la population. La consultation a eu lieu le 5 décembre 2004, cette fois sur trois communes, Dunkerque, Saint-Pol-sur-Mer et Fort-Mardyck. Bien que le oui ait recueilli 54 % des suffrages exprimés, il n'a obtenu que 24,25 % des inscrits au lieu des 25 % que requiert la loi, le préfet a donc refusé la fusion.
- 2010 : à la suite de la décision du Conseil d'État d'annuler l'arrêté du préfet, le projet de fusion est de nouveau à l'ordre du jour6.
- 7 décembre 2010 : le préfet ayant autorisé les conseils municipaux à de nouveau statuer sur le sort du projet, les 3 conseils municipaux votent une nouvelle fois en faveur de la fusion-association.
- 8 décembre 2010 : le préfet ayant pris acte de la volonté des conseils municipaux, il accepte la fusion qui prend effet le 9 décembre 20107.