Peabiru é um termo tupi que significa "caminho gramado amassado", através da junção dos termos pe ("caminho") e abiru ("gramado amassado"). É o nome de uma antiga e famosa trilha indígena, o Caminho do Peabiru.
A história do município de Peabiru está ligada à história do Caminho do Peabiru, conhecido como Caminho dos Incas, que se estendia por mais de 3.000 quilômetros da costa do Oceano Atlântico ao Oceano Pacífico, ligando a Capitania de São Vicente a Cusco, no Peru e atravessando os rios Tibaji, Ivaí e Piquiri, pelos quais passou a expedição organizada em 1769 pelo capitão-mor Afonso Botelho de Sampaio e Sousa. A região atualmente ocupada pelo município era ocupada pelos índios caingangues.
O desenvolvimento da cidade se deu de maneira decisiva em 1903, quando inúmeros colonizadores, acompanhados de suas respectivas famílias, construíram suas casas e dedicaram-se à agricultura, incentivando a vinda de novas famílias à região. A área compreendida entre o Rio Dezenove e o Rio Ivaí passou a ser conhecida como Sertãozinho e foi o marco inicial para a formação do povoado do mesmo nome.