Amilly est une commune française située dans le département du Loiret en région Centre-Val de Loire.
La ville constitue l’un des trois pôles urbains de l’agglomération de Montargis. Elle a connu une croissance régulière depuis le xixe siècle, grâce à l’industrie et au canal de Briare. Elle participe aujourd’hui aux pôles industriels de la région, notamment dans le secteur pharmaceutique.
La commune d'Amilly se trouve dans le quadrant nord-est du département du Loiret, dans la région agricole du Gâtinais pauvre. À vol d'oiseau, elle se situe à 64,7 km d'Orléans, préfecture du département, et à 3,0 km de Montargis, sous-préfecture. La commune fait partie du bassin de vie de Montargis.
La commune est limitrophe de neuf communes : Conflans-sur-Loing , Montargis, Mormant-sur-Vernisson , Châlette-sur-Loing , Villemandeur, Saint-Germain-des-Prés , Paucourt , La Chapelle-Saint-Sépulcre et La Selle-en-Hermoy.
Amilly est située dans l'aire urbaine de Montargis ; certains quartiers de la ville sont rattachés à Montargis au nord-ouest. Le centre-bourg, situé à l’est de la vallée, a conservé un caractère rural.
La forêt domaniale de Montargis couvre 800 hectares du territoire, la zone industrielle d’Amilly 120 hectares. Une majorité du territoire est couverte par des bois, des champs et des hameaux, avec en limite nord-ouest la route nationale 60.