Pēc Rūjienas draudzes sadalīšanas Ziemeļu un Dienvidu draudzēs (1881.) Naukšēnu muižas īpašnieks atvēlēja zemes gabalu un 5000 rubļu Piksāru baznīcas celšanai. Baznīca ar pārtraukumiem būvēta no 1914.gada līdz 1936.gadam, kad pabeigta baznīcas torņa būve. Baznīca iesvētīta 1928.gada 4.novembrī. Baznīcas tornis un altāris veidoti pēc prof. arh. P.Kundziņa projekta. Piksāru draudze darbojusies līdz 20.gadsimta 60.gadu vidum. Pēc tam ēkā ierīkota kolhoza noliktava lauksaimniecības produkcijas glabāšanai. Vienīgais ēkas kā dievnama liecinieks līdz mūsdienām saglabājies 631 kilogramus smagais torņa zvans, kas vēl aizvien zvana.
Šobrīd ēka tiek izmantota galvenokārt kā koncertzāle. Koncerti notiek Vasarsvētkos, Naukšēnu novada svētkos, Pirmajā Adventē un citos laikos. Par tradīciju kļuvis arī Nakts koncerts, kad visā Latvijā notiek Baznīcu nakts. Baznīcā uzstājušies Latvijā pazīstami māksliniei un grupas - "Latvian voices", "Rīgas gospelkoris", "Cosmos", "Jelgavas zvanu ansamblis", Kārlis Kazāks, Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijas audzēkņi un citi mūziķi.