Le village de Champagney fut ruiné en 355 en même temps que Dammartin, Pontailler et Besançon et le fut de nouveau par les normands au IX^ème  siècle, lorsque disparut le prieuré de Saint – Vivant. On le retrouve mentionné dans les titres du XII ^ème siècle.

En 1182, Théodorie, Archevêque de Besançon, ratifia la dotation faite à l'Abbaye d'Acey par la dame d'Apremont de tout ce qu'elle possédait à Champagney.

Ce village dépendait pour une moitié de la seigneurie de Pesmes, pour un quart de celle de Montrambert et la prévôte de  Montmirey le Château. Cette dernière partie fut vendue à vilprix par Louis XIV en 1697 à Jean Clerc, écuyer qui en 1707 se qualifiait Seigneur de Champagney.

Les seigneurs de Champagney firent construire un château fort dans la partie orientale du village. Il se composait d'un corps de logis dont le plan avait la forme d’un parallélogramme. Ce castel était entouré de fossés alimentés d'eau par le ruisseau de l'étang et précédé d'un pont-levis. Au-dessus de la porte d'entrée principale était sculpté un énorme aigle à deux têtes.

De cette forteresse subsistait en 1857 encore les tronçons des tours et le donjon . Le tout sert de maison d'habitation et d'exploitation d'une tuilerie qui a été annexée et appartient à Bernard Garnier de Champagney par suite de la vente qu'en fit l'Etat en l'an III.

L'Eglise actuelle, commencée en 1788 sur les fondements de l'édifice primitif et terminée en 1811 et dédiée à la Mère de Dieu dont on célèbre la fête le 15 août. Elle occupe une éminence au centre du village et se compose d'un clocher couronné par un dôme, d'une nef avec transept (formant une croix au milieu de sa longueur), d'un chœur rectangulaire et d'une sacristie.