Située sur une terrasse de rive gauche de la Saône à environ 200 m d'altitude, la commune de Flammerans s'étend sur plus de 1600 ha, entre la forêt (feuillus, surtout des chênes), les prairies du val de Saône où paissent des charolais pour la viande, et des montbéliardes, laitières renommées, les collines vouées aux cultures de céréales et d'oléagineux.