L'Isole prend sa source au flanc des montagnes Noires , à 170 mètres d'altitude environ , en limite du bourg de Roudouallec dans le Morbihan .
La rivière se dirige dans un premier temps vers le sud , longeant la limite communale avec Leuhan , puis prend une orientation générale sud-sud-est puis sud-est . Son cours est très sinueux et comporte de nombreux méandres .
À la hauteur de la forêt de Cascadec , sur la commune de Scaër , elle a creusé de profondes gorges . Elle passe de 143 mètres à Cascadec , à 92 mètres , 4 km plus loin , s'apparentant sur ce parcours , plus à un petit torrent . À Quimperlé , son cours rejoint celui de la rivière Ellé pour finalement se jeter ensemble dans la Laïta .
Sa longueur est de 48.1 km de la source à Quimperlé .