L'église est connue officiellement sous le nom d'église Saint-Cloud.
Le village de Maynal est mentionné dès 1049 dans une bulle du pape Léon IX confirmant à l’archevêque Hugues de Salins la possession d'un domaine en ce lieu et d'une église où reposent les reliques de saint Cloud, sculpteur et martyr.
Au XIIIème siècle, le chapitre Saint-Etienne de Besançon cède Maynal au monastère de Gigny-sur-Suran, qui y établit un prieuré dont l'existence cessera en tant que communauté, vers 1308.
L'église actuelle a été construite au XVIème siècle. Elle se réduisait à une nef correspondant sans doute à la largeur du clocher. L'élargissement du vaisseau se situerait vers 1635.
Les transformations majeures furent réalisées au XIXème siècle par le curé Besançon. Avec l'aide de ses paroissiens, il élargit l'ouverture du porche vers la nef, construisit les bas-côtés en y incluant les anciennes chapelles et allongea le choeur.
Le clocher, qui était à l'origine une tour à caractère défensif, mérite d'être compté parmi les grands clochers jurassiens de la dernière période gothique.
Le choeur, orné de superbes stalles sculptées (XIVème siècle), se clôt par une abside à cinq pans coupés unique en Franche-Comté.
L'église abrite de nombreuses pierres tombales des XVIème et XVIIème siècles.
Riche d’une très longue histoire, l’église de Maynal et son clocher ont été inscrits à l’Inventaire Supplémentaire des Monuments Historiques depuis le 25 avril 1995.
L'église domine le village, ce qui fait qu'on la voit de loin. Vous pouvez l'admirer également de nuit, l'éclairage lui conférant un autre caractère.
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