Lysá nad Labem a její okolí byla až do poloviny 19. století klidná zemědělská oblast. Druhá polovina byla ve znamení pokroku a převážnou měrou za to mohla železnice. V nymburském hostinci U Klecanů se konala 13. ledna 1867 první schůze ohledně plánovaného spojení mezi Kolínem a Starou Boleslaví. Na programu schůze byl také bod o spojení Nymburka a Prahy železnicí. Tato trať měla procházet i městem Lysá. V zápisu Lyského zastupitelstva ze dne 3. 12. 1869 lze dohledat odstavec o přístupu k železnici.
„Celé obecní zastupitelstvo úplně souhlasí, aby příležitosti tak vhodné, aby železná dráha vedena byla kolem našeho města, se využilo všemi prostředky, protože kdyby nás dráha minula, pak by se nikdy více v našem městě nestavěla!“
Proto byla zřízena zvláštní deputace s žádostí na vysoké místodržitelství. Odpověď byla kladná a Společnost polabské dráhy obdržela od Františka Josefa I. dne 25. června 1870 koncesní listinu na provozování dráhy v úseku Nymburk – Děčín s odbočkou do Prahy. Ta byla udělena na dobu devadesáti let. Odbočka na Prahu však měla být vedena ze Staré Boleslavi přes Čelákovice a stanice pro Lysou nad Labem měla být až u svatého Václava. Měla být společnou jak pro Lysou tak pro Čelákovice. Nakonec převážně zásluhou tehdejší majitelky panství Štěpánky Rohanové, která podporovala myšlenku, aby nádraží bylo umístěno přímo ve městě a věnovala pro stavbu dráhy pozemky od sv. Václava, až skoro k Nymburku rozhodla inspekce rakouských drah v roce 1871 o vedení tratě na Prahu přes Čelákovice ze stanice Lysá. A tak už v roce 1872 začali projekční práce na trati pod dohledem ing. Hellwaga. Staniční budovu navrhnul architekt Schlimp. Stanice byla navržena jako nádraží III. Třídy s restaurací. Zajímavostí byla na tehdejší dobu koněspřežná vlečka k panskému cukrovaru v Litoli.
Vlak vyjel po trati na Prahu a do Děčína 4. října 1874. Tehdy trvala cesta do Prahy přibližně hodinu a dvacet minut s následujícími cenami.
I.třída
1,66 zlatých
II.třída
1,25 zlatých
III.třída
83 krejcarů
IV.třída
46 krejcarů
Budova nádraží tak jak ji známe dnes byla přistavěna v roce 1898 a to včetně krytého peronu po celé její délce.K nástupu do vlaku bylo dáváno znamení staničním zvoncem, který byl zavěšen na zdi budovy. V té době pracovalo na stanici 29 zaměstnanců.
V roce 1916 byla na východní straně stanice vybudována vojenská rampa. O rok později bylo zřizeno na nádraží elektrické osvětlení. Počátkem roku 1921 bylo započato se stavbou vlečky do Milovic a již v srpnu tohoto roku byla poprvé využita k dovozu stavebniho materiálu. Pravidelná osobní doprava do Milovic byla zahájena 1. dubna 1923.
V noci z 30. na 31.července 1924 byla vyloupena nádražní staniční pokladna. Zloděj si odnesl na tehdejší dobu slušných 19 tisíc korun. Jen náhodou nebyla odcizena částka na výplaty zaměstnanců ve výši 186 800 korun.
V březnu 1939 byla Lysá nad Labem obsazena německými okupačními vojsky. Již v září téhož roku byla stanice přejmenovaná na Lisa an der Elbe. 
Modernizace železnice v Lysé
Lyský železniční uzel potřeboval vzhledem ke své důležitosti najít cestu k plynulosti a bezpečnosti dopravy, protože přes koleje přecházelo denně 400 zaměstnanců Kovony a většina obyvatel Litole. V roce 1995 se uskutečnilo několik jednání mezi zástupci města a železniční stanice. Cílem bylo dosáhnout shody pro vybudování podchodu a ostrovního nástupiště za průjezdnými kolejemi, kde každý den projíždí několik desítek nákladních vlaků. Byl to právě včas pro zkoordinování záměru s probíhající rekonstrukcí staniční budovy v rámci modernizace I. železničního koridoru.
26.července 1996 tak byl slavnostně položen základní kámen nového podchodu pod nádražím. Podchod nejen že spojuje Litolskou část z centrem, ale hlavně obě nově vybudovaná nástupiště. Pražské a milovické. Železniční stanice.
Tak plně spojuje podmínky bezpečného a moderního nádraží zároveň. V současné době se rozbíhá další etapa modernizace nádraží, zatím ve formě projektové dokumentace. Vlastní modernizace by měla by měla proběhnout po roce 2020 a měla by být rozsáhlejší než modernizace přechozí. Mimo jiné by mělo být nádraží rozšířeno o další nástupiště, doplnění stavajících o výtahy pro matky s kočárky a imobilní spoluobčany, a upravena obě, resp. všechna 4 zhlaví z důvodu zkapacitnění nádraží pro osobní přepravu.
