Ao entre finais do século XV e as primeiras décadas do século XVI o povoado de Vila Franca do Campo foi-se afirmando paulatinamente como a capital da ilha de São Miguel. Elevada à categoria de sede de município em 1472, a vila estava fixada as principais instituições civis e religiosas da ilha, sendo o local de residência do capitão do donatário na ilha e por consequência o centro das atividades da poderosa família Gonçalves da Câmara, que mais tarde obteria o título de condes de Vila Franca. A presença da alfândega e o abrigo relativo que o ilhéu de Vila Franca propicia ao seu porto, fez do povoado o local de partida e chegada dos navios que demandavam a ilha.
Sem nunca ter sofrido qualquer calamidade de monta, nem nunca ter experimentado a guerra, Vila Franca do Campo chegou a 1522 próspera e em franco desenvolvimento, fixando na sua malha nascente urbana cerca de 5 000 habitantes, cerca de 25% das 20 000 pessoas que se estima então viverem na ilha de São Miguel.
O povoado instalou-se no litoral da ilha, aproveitando a zona aplanada e de costa baixa que circunda a enseada sita entre a foz da Ribeira da Mãe de Água e a Ribeira Seca. Sobranceiros à vila ficam os contrafortes do maciço de Água de Pau, com dois montes, o Rabaçal e o Louriçal, separados pelo vale da Ribeira da Mãe de Água, os quais providenciava abundante abastecimento à vila. Frente à costa, a pouco mais de 600 m de distância, fica o ilhéu de Vila Franca, que além de fornecer um marco fácil de localizar pelas embarcações que demandavam a ilha, dava algum abrigo ao porto.
Dada a falta de material de onde se pudesse obter cal e a fraca qualidade dos barros da ilha, as construções eram de alvenaria de pedra solta, construída com dupla face e enchimento a cascalho. Apenas as casas mais abastadas e as fachadas principais dos melhores imóveis levavam um reboco em barro, de muito fraca consistência dadas as características dos materiais locais, que depois era caiado. A dificuldade em produzir localmente telha, levava a que apenas as casas mais abastadas e as igrejas tivessem telhado, contentando-se os populares com tetos de colmo recobertos com palha de trigo.
A elevada dureza das rochas basálticas levava a que as pedras fossem pouco aparelhadas, mantendo superfícies arredondadas que fragilizam a alvenaria, a que se juntava o elevado peso das paredes, resultando em construções muito vulneráveis ao derrubamento pela aceleração induzida pelos sismos.
Era esta a vila que assistiu a um calmo anoitecer no dia 21 de Outubro de 1522, ao grande sismo, que a tecnologia atual permite estimar ter tido epicentro a alguns quilómetros a NNW da vila, na zona do Monte Escuro, e ter nela atingido grau X da EMS-98, desencadeou movimentos de massa generalizados por toda a ilha, provavelmente devido aos solos se encontrarem então saturados de água em resultado de chuvas intensas ocorridas nos dias anteriores. Aliás, os terrenos vulcânicos, em particular os constituídos por materiais piroclásticos de baixa densidade, como são os profundos depósitos pomíticos que constituem as encostas do Maciço de Água de Pau, por estimulação sísmica são em extremo propícios a gerar grandes movimentos de massa, autênticos lahars.
A massa de lodo soterrou o porto e entrou mar adentro, arrastando muita gente consigo e gerando um tsunami que destruiu as embarcações que ali estavam surtas.
Um estudo recente dos depósitos resultantes dos movimentos de vertente de 1522 permite estimar que a escoada de detritos que soterrou Vila Franca teve origem nas cabeceiras da Ribeira da Mãe d’Água, a NW de Vila Franca, ao sul do Pico da Cruz, então o Monte Rabaçal. A partir de uma face de rotura esventrada para SSE libertaram-se cerca de 6,75 milhões de metros cúbicos de detritos que correram ao longo da ribeira, com uma velocidade que hoje se estima ser de 1 a 3 m/s, atingindo em poucos minutos o centro da vila e recobrindo-o completamente. A corrente de alta densidade assim gerada arrasou as construções ainda existentes e carreou tudo o que encontrou, incluindo os infelizes vilafranquenses, até ao mar.
Outra torrente, embora de menor dimensão, gerou-se nas cabeceiras da Ribeira Seca, percorrendo o seu leito e espraiando-se sobre o arrabaldes leste da vila, na zona que corresponde à actual parte ocidental da freguesia de Ribeira Seca.
As consequências foram trágicas: entre 3 000 e 5 000 mortos só na vila, a maior parte dos quais soterrados em lama ou arrastados ao mar pela avalanche. Toda a parte central da vila ficou soterrada e o porto desapareceu sob uma espessa camada de pedra-pomes.
Esta catástrofe, que ficou conhecida pela subversão de Vila Franca, marcou profundamente o desenvolvimento da ilha de São Miguel, fazendo migrar o centro político e económico para a nascente vila de Ponta Delgada, que em breve seria a capital de ilha e continuaria a crescer até ser hoje maior cidade açoriana e o principal centro político e económico de todo o arquipélago. Não fora o terramoto e esse papel caberia a Vila Franca, vila melhor situada e com um melhor porto natural.