Le nom de la localité est attesté sous les formes Boniellum en 1272[2], Bonneul en 1371[2] et Boneuil en 1793[3]. Bonnœil (« bon œil ») est ce qu'on appelle une fausse motivation (attraction paronymique) en raison de la perte du sens d'origine. Comme les nombreux Bonneuil (sept communes en France), il vient sans doute de l'anthroponyme gaulois Bonos[2] ou du latin bonus, « bon »[2],[4], et du gaulois ialo, « champ, clairière »[2],[4].
Le gentilé est Bonnœillais.
En 2012, la commune comptait 123 habitants. Depuis 2004, les enquêtes de recensement dans les communes de moins de 10 000 habitants ont lieu tous les cinq ans (en 2008, 2013, 2018, etc. pour Bonnœil[8]) et les chiffres de population municipale légale des autres années sont des estimations[Note 2]. Bonnœil a compté jusqu'à 325 habitants en 1806.