Archeologijos duomenimis, Kaniūkų kaimo teritorijoje žmonių gyventa IX-XII a. 1920-1939 m. Kaniūkai priklausė Lenkijos valdomo Vilniaus krašto Lydos apskrities Benekainių valsčiui. Iki Antrojo pasaulinio karo veikė lietuvių Šv. Kazimiero draugija ir jos įsteigta skaitykla.
Lobis paslėptas netoli Kaniūkų memorialo, skirto žuvusiems gyventojams. 1944 m. sausio 29 d. sovietiniai partizanai Kaniūkų žudynių metu nužudė 35 kaimo gyventojus.
Be šio memorialo su kapinaitėmis, kaimo apylinkėse dar yra Kaniūkų pilkapynas ir Kaniūkų akmuo.