L'église d'Auffay est desservie, dès 1060, par un collège de six chanoines réguliers de Saint-Augustin. Selon un acte de donation daté de 1079, ils sont remplacés par des moines bénédictins de l'Abbaye de Saint-Évroult le 21 février 1203 par Jean sans Terre. Occupée par les Anglais après la bataille d'Azincourt, la ville est brûlée par les Bourguignons en 1472.
Henri IV séjourne à plusieurs reprises dans la ville.
Auffay a été chef-lieu de canton durant la Révolution (de 1790 au 8 Pluviôse an IX, soit le 28 janvier 1801). Dans la nuit du 10au 11, la ville est détruite par des bombes incendiaires allemandes.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, c'est ici que Michel Hollard découvre les chantiers des rampes de lancement desmissiles V1.