Son abside est en cul-de-four, le clocher est une tour carrée placée à droite de l'abside. Elle a été réparée et remaniée en 1841 par les soins de Monsieur de Noury, Maire de la Commune. Le chœur a été reconstruit et agrandit en 1866. Le clocher a été restauré en 1873. Le toit a été refait en ardoises en 1968. Un bénitier en pierre placé à l'entrée de la nef de l'église provient de l'ancienne église de Varennes les Glénons, disparue, qui était située à 3 kms. L'église Saint Bénigne, est restaurée à l'initiative de l'abbé Petitier, curé de Sougy-sur-Loire de 1855 à 1876. Pour réaliser les travaux, la Commune contracte un emprunt auprès de l'empereur Napoléon III, qui permet la création des vitraux du sanctuaire. Le vitrail principal du Choeur représente le Christ en croix, entouré des seules Madeleine agenouillée et Marie. Saint Jean est en effet absent de la scène. les deux paires de vitraux sur les côtés sont ornés des monogrammes "SB", "IHS" et "M", qui désignent respectivement Saint bénigne, Jesus hominum salvator, Jésus sauveur des hommes, et Marie. En remettant la cache, faire attention de ne pas trop l'enfoncer. Ne pas prendre la rue du Grand Pré (privée). Cette cache vous est proposée par l'Office de Tourisme Sud Nivernais.