A l'ère quaternaire, le glacier du Rhône a déposé des blocs erratiques tout au long du Jura à des altitudes qui varient de 600 à 750 m. Cet alignement particulier et la taille de ces blocs contribuent à frapper les imaginations.
A l'époque néolithique, les hommes qui habitaient le bassin lémanique gravèrent des creux et des rigolent sur la surface de ces pierres sans que la signification exacte de ces dessins nous soit bien connue. Parfois, ils dressèrent certaines d'entres elles ou les réunirent en cercle (Yverdon canton de Vaud, Mont Mourex, Commune de Grilly).
Les Pierres à Cupules marquent aussi l'emplacement de la moraine latérale de l'ancier glacier. composées de débris de roches alpines.