A Lagoa de Óbidos é o sistema lagunar costeiro mais extenso da costa Portuguesa. Possui uma área total aproximada de 6.9 km2 e uma profundidade média de dois metros, com cotas que vão desde o meio metro aos cinco metros.
Estende-se para montante essencialmente por dois canais, para Oeste pelo Braço do Bom Sucesso, e para Este pelo Braço da Barrosa.
A Lagoa de Óbidos faz fronteira terrestre com o concelho das Caldas da Rainha a Norte (freguesias da Foz do Arelho e Nadadouro) e com o concelho de Óbidos a Sul (freguesias de Vau e Santa Maria).
Do lado do Sul encontra-se a Poça do Vau e do lado Oeste está ligada à Poça das Ferrarias. Apresenta um comprimento máximo de 6 km e uma largura que oscila entre 1 e 1,5 km, com uma orientação preferencial NW-SW. No entanto, esta configuração tende a oscilar consideravelmente, sendo uma consequência directa dos sedimentos empurrados pelo mar para o interior da lagoa.
Segundo relatos antigos, a Lagoa era muito mais extensa, alcançando o sopé da colina onde hoje se ergue a Vila de Óbidos, banhando os muros do castelo do lado Poente.
De uma forma natural, a Lagoa de Óbidos, tal como as lagoas costeiras, a médio ou longo prazo, transformar-se-iam em pântanos se o seu regime sedimentar se mantivesse. No entanto, a intervenção humana acelera o processo de assoreamento através das constantes alterações que provoca nas bacias hidrográficas que conduzem a uma maior produção de sedimento. Por outro lado, a população tenta inverter a situação ao intervir através de dragagens efectuadas com o objectivo de aumentar a profundidade do sistema, prolongando, deste modo, a vida destes meios aquáticos.