L’existence des moulins" Lesveques" est attestée dés 1390 dans un document des archives départementales de l’Yonne à Auxerre.
Les moulins de Moulin l’Évêque ont longtemps appartenu à l’évêque d’Auxerre, d’où le nom du lieu,qui en tant que seigneur de Cosne percevait des droits sur les moulins.
Le bâtiment actuel du Moulin de la Commanderie semble daté du XVII.
Jean Megrot père avec ses deux fils, Jean et Paul, signent le premier bail de location avec le représentant du commandeur de Villemoison le 22 mai 1732,à cette date c’est la Commanderie de l’ordre de Malte qui en est propriétaire. Les deux frères exploitent le moulin, leur père Jean étant resté au Moulin des Granges qu’il exploite de 1695 à 1749.
A cette époque et au moins jusqu’en 1794 les actuels Moulin de la Commanderie et du Moulin Bis ne formaient qu’une seule entité sous la dénomination de "Moulin Levesque situé en la paroisse de St Père". Le bail précise que" le Moulin de la commanderie consiste en deux roues et meulage tournant, virant et faisant farine, maison pour loger le meunier, écuries, aisances, terres et prés en dépendant".
On peut encore voir aujourd’hui que les roues des deux moulins étaient juxtaposées dans le même bief.
Le 25 floral An deux de la république (14 mai 1794) Edmé Mégrot fils de Paul et son neveu Charles se rendent acquéreurs du moulin, qui avait été confisqué à l’Ordre de Malte, lors d’une adjudication définitive en bien national, par le directoire du District de Cosne, pour la somme de 48100 livres.
La concurrence entre les moulins à farine très nombreux sur le Nohain,étant devenue trop rude, Eugène Mégrot, décida de reconvertir le moulin ,en 1897, en atelier de rectification des cylindres de meunerie.Il acheta l’imposante machine BUHLER d’origine suisse qui se trouve toujours en place et permettait de canneler deux cylindre en même temps, actionnée par la force hydraulique. L’atelier a cesser de fonctionner en 1983 mais a été conservé en l’état et la machine pourrait encore être actionnée par les roues et poulies elles aussi en état de marche.
Gabriel Mégrot qui reprend le moulin en 1956 au décès de son père sera le dernier maillon de cette dynastie de meuniers que l’on trouve déjà à St Père en 1643 puis qui exploite successivement le Moulin de Mocques (St Martin sur Nohain) jusqu’en 1695 et le Moulin des Granges (St-Père) de 1695 à 1749, et bien sur le Moulin de la Commanderie (St-Père) à partir de 1732.
Comme tous ses ancêtres, Gabriel est né et a passé toute sa vie à Moulin-L’Evéque, Christiane sa veuve, dans le but de préserver ce patrimoine familial authentique, témoin d’une corporation disparue, mais qui a joué un rôle important pendant des siècles dans la vallée du Nohain, en a fait don à la Camosine, association de sauvegarde du patrimoine nivernais.