Filho de D. João IV e de D. Luísa de Gusmão, nasceu a 21 de agosto de 1643. Por morte prematura de D. Teodósio, seu irmão mais velho, tornou-se herdeiro do trono. Em 1656, uma vez que D. Afonso apenas tinha treze anos, D. Luísa de Gusmão assumiu a regência do reino.Em consequência de doença em criança, D. Afonso VI sofria de diminuições físicas e mentais. Tinha um comportamento estranho para a sua condição de rei; envolvia-se em cenas de rua e rodeava-se de más companhias, companhias essas que, por vezes, levava para a Corte e que sobre ele exerciam forte domínio e influência. Veio a ser considerado, pelos médicos, mentecapto e impotente.
A regente, perante a incapacidade governativa do monarca, convocou um Conselho de Estado, no qual afastou Afonso VI e fez jurar D. Pedro, irmão de D. Afonso VI, como herdeiro do trono. Mas esta tentativa não resultou, uma vez que Luís de Vasconcelos e Sousa, conde de Castelo Melhor, em nome de D. Afonso VI, preparou o afastamento forçado da regente para um convento. Foi neste período que se conseguiu a vitória na guerra com a Espanha, o que valeu ao rei o cognome de "o Vitorioso".
A 27 de junho de 1666, depois de várias tentativas de casamento falhadas, casou por procuração com D. Maria Francisca Isabel de Saboia. A nova rainha ligou-se ao partido de D. Pedro e afastou o conde da corte. A 23 de novembro de 1667, D. Afonso VI abdicou do poder em favor do irmão. A 24 de março de 1668, o seu casamento foi anulado e o rei desterrado para Angra do Heroísmo. Em 1674, regressou ao Reino e foi fechado no Palácio de Sintra, onde faleceu a 12 de agosto de 1683.
Fonte: Infopedia