1ª ESQUADRILHA
Em 1913, Portugal recebeu o seu primeiro submersível, passando a ser um dos poucos países do mundo a potenciar as vantagens desta arma. Para além do "ESPADARTE" constituíam a 1ª Esquadrilha os submersíveis "FOCA", GOLFINHO e "HIDRA".
2ª ESQUADRILHA
No início da década de trinta foi implementado o Programa «Magalhães Correia», tendo sido adquiridos alguns navios novos, entre os quais se encontravam os submersíveis "DELFIM", "ESPADARTE" e "GOLFINHO".
3ª ESQUADRILHA
Durante a Segunda Guerra Mundial os submersíveis revelaram-se um meio de elevado interesse estratégico. Ao terminar o mesmo, Portugal decidiu adquirir três navios construídos em Inglaterra em 1944, já na fase final da guerra. Os navios, batizados "NARVAL", "NÁUTILO" e "NEPTUNO", foram entregues a Portugal em 1948. Ficaram conhecidos como a classe «N», pelo facto de os nomes começarem todos por esta letra.
4ª ESQUADRILHA
Em 1964 é assinado o contrato para a aquisição dos novos submarinos. Entre 1 de outubro de 1967 e 1 de outubro de 1969 foram entregues à Marinha Portuguesa os submarinos "ALBACORA", "BARRACUDA", "CACHALOTE" e "DELFIM". Enquanto os navios das classes anteriores eram submersíveis, os da classe "ALBACORA" já são considerados submarinos. Esta alteração de nomenclatura deve-se a estarem equipados com um sistema que permite a carga das baterias sem que o navio venha à superfície, possibilitando que eles possam desempenhar a totalidade das missões em imersão.
5ª ESQUADRILHA
Após mais de quatro décadas de operação tornou-se necessária a substituição da classe "ALBACORA". A opção recaiu no modelo 209PN, de origem alemã. O "TRIDENTE" e o "ARPÃO" foram construídos em Kiel, tendo sido entregues a Portugal em 2010.
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