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A criação da Reserva Natural Parcial do Garajau surgiu na sequência de uma preocupação sentida por um grupo de madeirenses, que apercebendo-se da potencialidade deste local, constatou que no mesmo, era já inquietante o fenómeno da depauperação do meio marinho. Tornava-se urgente, por um lado, impedir a progressiva desertificação dos fundos marinhos do litoral da Ilha da Madeira, e por outro, contribuir para o repovoamento faunístico das áreas adjacentes.
Conhecida pela elevada limpidez das suas águas (permitindo observações a mais de 20 metros de profundidade), a Reserva possui elevada biodiversidade com uma riqueza ictiológica muito significativa. Pela sua localização geográfica e principalmente pela sua riqueza biológica e águas transparentes e limpas, apresenta grande aptidão de utilização do ponto de vista recreativo, educativo e científico. É uma área onde se dinamiza a prática do mergulho amador e funciona como forte atrativo para a deslocação de inúmeros mergulhadores amadores à Região.
Os fundos da reserva são de natureza rochosa até aproximadamente os 22 metros de profundidade. A partir daqui, passam a ser de areia fina ou de concha moída. A área de transição do substrato rochoso para arenoso é bastante marcada e com declive acentuado, apresentando algumas paredes abruptas. Os fundos móveis revelam, por vezes, blocos rochosos de dimensão considerável ou alguma rocha miúda.
Os fundos marinhos são povoados por uma abundante e residente fauna. O mero Epinephelus marginatus é a espécie emblemática da reserva, atraindo e despertando a curiosidade dos mergulhadores.
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