Fotbal se začal hrát v Litoměřicích v roce 1920 pod hlavičkou SK Litoměřice.V průběhu II. světové války se název klubu změnil na Mrazírny Litoměřice. Od roku 1952 pak pod hlavičkou TJ Slavoj Litoměřice.
 
Od svého založení se v Litoměřicích hrála kopaná pravidelně na úrovni krajských soutěží. Největším úspěchem bylo působení v divizi, nejprve v letech 1970 - 1972, potom v letech 1975-1995. V této době startovalo v litoměřických barvách několik hráčů, kteří později oblékali i dresy ligových mužstev. Byli to např.: Ing. Antonín Rosa ( Teplice, Bohemians, Plzeň, Blšany), Josef Fišer (Teplice), Vladimír Puhlovský (Liberec, Plzeň), Miroslav Slapnička (Dukla Praha) a v této době Antonín Rosa ml.(Teplice, reprezentace ČR21), Petr Pechatý (Teplice), Jiří Marič (Dukla Praha) a další.
 
Do sezóny 1993-94 vstoupil litoměřický klub pod novým názvem FK Litoměřice, pod kterým startuje doposud. V následující sezoně 1994-95 sestoupil z divize do Krajského přeboru, kde hrál následující tři sezony, aby v roce 1998 postoupil zpět do divize. Zde hrál pět sezón a v roce 2003 sestoupil opět do Krajského přeboru, kde hraje do současné doby.
 
V září 2009 Valná hromada zvolila nové vedení, které se snaží oživit tradici kopané v Litoměřicích. Výsledkem je vzestup na špičku KP. V roce 2011 (postup do divize unikl o jediný bod) v roce 2012 mužstvo skončilo na 2. místě. Cílem je v co nejkratší době postoupit do Divize.
 
V areálu se od roku 2010 postupně dobudovává zázemí, osvětlení a pro rok 2013 je podána žádost o vybudování hřiště s umělou trávou III. generace na B hřišti a travnaté tréninkové hřiště mládeže.
 
V roce 2011 došlo ke sloučení s oddílem FK Mlékojedy 2005. Tím, se rozšířila základna na 250 sportovců a také o velmi kvalitní travnaté hřiště v Mlékojedech.
 
Klub má kromě A mužstva dospělých, také B mužstvo, C mužstvo a Starou gardu. V kategoriích mládeže starší a mladší dorost, družstvo starších a mladších žáků a přípravky ročník 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 a nejmladší předpřípravku 2007/2008.