A história do Museu da Guerra Colonial começou a desenhar-se durante o ano lectivo de 1989/90, quando trinta alunos oriundos de várias freguesias dos concelhos de Vila Nova de Famalicão, Barcelos e Braga participaram num projecto pedagógico-didático conjunto a que chamaram "Guerra Colonial, uma história por contar". Através da metodologia da história contada oralmente, os alunos recolheram o espólio dos combatentes das suas áreas de residência. Surgiram então vários documentos como processos de morte e de ferido, correspondência, diários de companhia, diários pessoais, diários de acção social e psicológica, relatos e processos confidenciais, objectos de arte, fotografias, bibliografias, objectos religiosos, fardamento e armamento, enfim um manancial de fontes que permitiu, entre outras coisas, organizar uma exposição e nela reconstruir o "itinerário" do combatente português na guerra colonial. Em 1992, iniciou-se um trabalho de colaboração com a Delegação da Associação dos Deficientes das Forças Armadas de Vila Nova de Famalicão, em que foram efectuados novos estudos regionais com base nos arquivos e membros desta instituição, bem como foi ampliada a exposição com a integração de novos estudos e materiais. Como resultado desta colaboração, a exposição percorreu vários eventos culturais e várias localidades. Finalmente, em Maio de 1998, foi celebrado um protocolo de colaboração entre a Câmara Municipal de Vila Nova de Famalicão, Delegação da ADFA de Famalicão e Externato D. Henrique de Ruilhe de Braga, que serviu de acto solene e formal para a criação do Museu da Guerra Colonial. O Museu rege-se pela recolha, preservação e divulgação de fontes e estudos, reformulação técnica da exposição permanente, constituição de um centro documental e o alargamento de novos estudos na região.