Lang voordat Jansenius zijn naam schonk aan het gebouw, maakte de toren deel uit van de binnenste ringmuur van Leuven. Rond het midden van de 12de eeuw werd Leuven omringd door een muur van bijna drie kilometer, onderbroken door elf stenen poorten. Op de plaats waar de Dijle de stad binnenstroomde en haar weer verliet, werden twee waterpoorten gebouwd. Deze waterpoorten werden gevormd door een stenen brug geflankeerd door verdedigingstorens.
Samen met de toren aan de overkant van de Dijle vormde ‘de Janseniustoren’ omstreeks de 12de eeuw de zogenaamde Waterpoort. Gelegen aan de eerste grote splitsing van de Dijle was het een belangrijke toegangspoort tot de stad. De rechterarm van de Dijle stroomde Leuven binnen. Er werd tol geheven op de goederen die per schip werden aangevoerd. De Waterpoort moest tevens de verderop gelegen brug over de Dijle beschermen.
Op de linkerarm van de rivier, die werd gegraven als gracht rond de stadsmuur, werden sluizen geplaatst. Hiermee kon men het waterpeil op de rechterarm regelen waardoor overstromingen in de stad werden vermeden.
Bij de aanleg van een nieuwe en grotere stadsomwalling omstreeks 1360, kwam de oude ringmuur in onbruik en geraakte hij stilaan in verval.
Wanneer de Zuid-Hollandse priester Jansenius in Leuven theologie kwam studeren, liet hij zijn oog vallen op de vervallen watertoren. In 1618 liet hij de toren opknappen tot woning. Er werden twee verdiepingen bovenop de middeleeuwse toren geplaatst in een donkerdere baksteen. De nieuwe bewoner was geboren in Akkooi op 28 oktober 1585 en groeide al snel uit tot één van de grote intellectuelen van zijn tijd. Hij studeerde aan de universiteiten van Utrecht, Leuven, Parijs en Bayonne. In 1630 werd hij hoogleraar in de exegese aan de universiteit van Leuven en in 1635 werd hij door de Spaanse koning benoemd tot bisschop van Ieper. Hij stierf echter reeds drie jaar later aan de pest.
In de gerestaureerde toren, waarin hij van 1618 tot 1626 woonde, bestudeerde hij de kerkvaders en schreef hij aan zijn bekendste werk Augustinus. Hierin nam hij de genade en de predestinatieleer op de korrel. Jansenius ontketende met dit werk postuum een storm in de religieuze en politieke wereld. De Augustinus zou de geschiedenis ingaan als basis voor het jansenisme (zie Related Web Page boveaan deze listing), een religieuze en politieke beweging uit de 17de en 18de eeuw, die reageerde tegen bepaalde ontwikkelingen binnen de Rooms-katholieke kerk en het absolutisme van de vorsten uit die dagen.