Construída  em  1297,  por  Afonso Pais, pároco de  Salvaterra,  por  ordem  do bispo  de  Lisboa.  Isto deve-se ao facto de cada vez mais colonos afluirem à aldeia  de  Muge  e,  por  não  terem  igreja  paroquial, escusavam-se ao pagamento dos dízimos.

 
      Em 1298, por acordo com o Mosteiro de Alcobaça, o padroado da Igreja de Stª Maria de Muge é trocado pelo de S. Tomé de Lisboa. Assim, o Mosteiro manteve-se com todos os direitos de padroado (dízimos, apresentação do pároco, etc.) até cerca de 1834.

No séc. XIV a igreja era constituída provavelmente por uma única nave, três capelas (S. Pedro, Capela-Mor, dedicada a Stª Maria, e S. João Baptista) e um campanário.

No último quartel do séc. XVII a capela-mor medieval é demolida para se poder construir o retábulo de talha que hoje possui.

  A partir de 1712, devido ao estado de ruína em que se encontrava, o Câmara obriga o Mosteiro de Alcobaça a proceder a reparações, das quais resultaram arranjos profundos nas capelas laterais (em particular os retábulos de talha dourada joanina) e a substituição do campanário medieval por uma torre sineira, concluída em 1719.

      Por o restauro ter sido insuficiente, a Igreja esteve em obras durante todo o séc. XIX, até que, em 1899, a Junta de Paróquia decide proceder a um restauro de fundo, do qual resultou o aspecto que hoje tem. Foi acrescentada mais uma torre, as paredes foram reconstruídas com pedra (anteriormente eram de taipa) e todas as cantarias mudadas.