Prvni zminka o obci Zajeci pochazi z roku 1222, kdy byla kolonizovana Nemci. V te dobe jiz ve vesnici stal farni kostel. Dnesni kostel sv. Jana Krtitele pochazi z roku 1508 a je vystaven v pozdne gotickem slohu. V roce 1848 vyhorel a v letech 1860 a 1912 doslo k vyznamnym prestavbam. Po techto prestavbach zustal puvodni jen presbyteriar, ostatni casti byly prestavenym ve slohu novogotickem. V sakristii jsou dodnes patrna strilnova okenka, ktera nasvedcuji tomu, ze kostel byl opevnen. Pravdepodobne z duvodu predchozich husitskych nepokoju nebo obrany proti hrozicimu tureckemu utoku na Moravu. V unoru 2007 probehl pruzkum systemu pozdemnich unikovych chodeb, ktere pravdepodobne vedly z kostela na faru, pod naves a k blizke budove skoly.
Na vnejsim plasti kostela muzete nalezt nahrobni kamen kneze Stanislava Reisingera z roku 1585 s ceskym napisem.