A história de Pacatuba se mistura com a dos primeiros habitantes destas terras: os índios pitaguaris, potiguaras e outras tribos pertencentes ao grupo linguístico macro-tupi, como os jenipapos-canindés. A eles, somaram-se os portugueses religiosos e militares que vieram habitar a região devido aos processos de aldeamento e catequização e visando a resguardá-la contra invasões de outros povos europeus.
Como proteção contra as invasões de outros europeus, em 1683, foi concedida, através de sesmarias, aos membros da família Correia (originários do Rio Grande do Norte), o sítio chamado Pacatuba. O povoamento da cidade se iniciou nessa época. Numa segunda concessão, em 1693, foram destinadas terras a outros posseiros. A freguesia, dedicada a Nossa Senhora da Conceição, foi criada em 5 de novembro de 1869. Em 1876, com a construção da Estrada de Ferro Fortaleza-Baturité, Pacatuba recebe duas estações de trem. Foi o terceiro município cearense a libertar os escravos. Em 18 de março de 1842, passou a ser distrito de Maranguape. Em 8 de outubro de 1869 (comemorada como a data de criação da cidade), tornou-se vila. O município foi criado oficialmente em 17 de agosto de 1889.