El río Santo Tomás es uno de los cauces de mayor entidad de cuantos descienden de los Montes de Vitoria hacia la Llanada y se forma por unión, aguas abajo de Ullíbarri de Los Olleros, de los arroyos de Arkaute o Ladesa y Mendigurena. Más tarde recibe la aportación del Iturgana y de una acequia, cerca ya de Salburua. La subcuenca de este río suma 1.907 ha y, junto con la subcuenca del Canal de La Balsa, son las únicas que se extienden completamente dentro del término municipal de Vitoria-Gasteiz. Un total de 12,5 km de curso fluvial de los que prácticamente 9 pertenecen al propio Santo Tomás y el resto a los afluentes antes descritos. Ya en Salburua el Santo Tomás recibe a su último afluente antes de ser derivado al canal del Alegría, el río Errekaleor, que le aporta su flujo hidrológico por la izquierda, si bien, llegan a Salburua por separado desde los Montes de Vitoria. El Santo Tomás es un corredor prospectados en un estudio de González, 2003.
Subcuencado su andadura por el parque, hasta el encuentro con el río Errekaleor. En el trazo más cercano al entorno urbano, el corredor sufre una importante contaminación lumínica y acústica que disminuye al adentrarse en el parque. El bosque de ribera es ancho, y bajo la diversidad que entraña, predomina el matorral de sauceda. La gran densidad arbórea y arbustiva da lugar a una elevada cobertura sobre el entorno fluvial. Pequeñas presas naturales y sinuosidades del trayecto aumentan la heterogeneidad sobre el mismo cauce, habilitando zonas a veces de mayor corriente, y otras estancadas en las que se ve más vegetación acuática (Lemnas, algas, helechos acuáticos...). El entorno perifluvial contiene baldíos en su mayor parte. Al norte de Betoño se localiza una extensa chopera con cierto sotobosque. El parque de Salburua, hoy en día en fase de expansión por la recuperación y creación de nuevas lagunas, aumenta el valor ecológico del corredor. Los caminos de uso recreativo-deportivo cercanos y los pasos habilitados sobre el río, no implican perturbación al mantenerse la continuidad del corredor. Son dos los puentes que se encuentran en su trayectoria por el parque: uno al noreste de Betoño y el segundo 150 m antes de la confluencia entre Errekaleor y Santo Tomás.
Subcuenca ST2 665 m Comienza en el lugar de unión con el Errekaleor alrededor del cual aumenta el área vegetada por plantas helófitas, herbáceas y matorral. Esta zona contiene además plantaciones forestales jóvenes. Partiendo de este punto hacia el sur, la vegetación de mayor porte disminuye y se encuentra intercalada en una densa cobertura arbustiva dominada por zarzas y cola de caballo (Equisetum sp), que se asienta en la pronunciada pendiente de los márgenes. Las zonas más remansadas y estancadas del cauce son hábitats importantes para la fauna acuática (anfibios, etc.). El tramo finaliza a su paso bajo un camino de entrada desde Elorriaga hacia el parque de Salburua dotado del tamaño suficiente para mantener la continuidad. El paso, aunque artificial, se halla cercano a una frondosidad dominada por sauces, fresnos y chopos, que se extiende por su lado este hasta la carretera N-104.
Subcuenca ST3 156 m El entorno fluvial queda desprotegido en este tramo, donde el margen limítrofe con un aparcamiento de vehículos se encuentra canalizado por cemento. En esta zona de escasa cobertura vegetal, se observa un alto grado de deterioro sobre el río, por el impacto del entorno rural, las huertas y el cruce con carretera de tránsito elevado. El cruce bajo la carretera N-104 a la altura de Arkaute se caracteriza por 2 túneles con una escasa relación sección/longitud (4 m ancho x 2 m alto x 10 m largo y 2x2x10), de construcción artificial donde además los accesos no están adecuadamente vegetados, habiéndose realizado en el año 2005 trabajos de desbroce así como perfilado de partes del cauce mediante retroexcavadora.
Hay datos que cercioran la incidencia real y directa sobre el visón europeo de la N-104 en su intersección con el Santo Tomás: L. Lobo encontró aquí un visón europeo atropellado el 4 de marzo de 1999.
Subcuenca ST4 425 m El corredor fluvial continúa con una gran densidad arbustiva en sus inclinados márgenes, con predominio de zarzas, saúcos y sauces de bajo porte. La estructura vegetal mejora al alejarse de la vía, y al final del tramo alcanza su mayor complejidad bajo la cobertura de una gran chopera. Fuera de los límites del parque, son más habituales los conflictos con usos rurales y agrícolas. La cercanía de carreteras, y las huertas y chabolas puntuales en torno al cauce, suponen una amenaza sobre el entorno fluvial. En estas zonas se observa un entorno más degradado. Llegando al cruce con la carretera A-132 (dirección Estella), una columna separa los dos pasos artificiales de franqueable sección pero largo recorrido (15 m). La salida norte mantiene un estado apto para la continuidad, mientras que en la salida sur se observa erosión de las paredes debido a la falta de cobertura vegetal y se halla desprotegida frente al impacto de la vía y de las huertas limítrofes. Subcuenca ST5 329 m En este tramo, el Santo Tomás dispone de un bosque ripario adulto con diversa y densa cobertura vegetal donde destaca el matorral de sauceda. Las ramas sueltas y el entramado de ramas arbustivas proporcionan un entorno caótico. La vegetación natural está situada sobre una gran pendiente que delimita claramente la ribera de sus áreas adyacentes y aumenta el efecto tampón para con los usos agrarios. Pasados los primeros 250 m desde la carretera, un seto lineal se une con la orilla oeste del bosque de ribera, aumentando la anchura de la franja de vegetación silvestre.
El tramo finaliza a su paso bajo la vía del tren a través de una amplia sección (8x3,5x10), a la que conducen sus vegetadas entradas. El acceso a la vía se ve obstaculizado por los pronunciados desmontes laterales hacia la ribera. Las huertas de sus aledaños hacen necesaria una mayor cobertura vegetal en torno a este punto.
Subcuenca ST6 760 m Situado en un entorno rural, aumentan los conflictos con usos agrícolas y ganaderos, además se observa una mayor explotación hídrica tal como muestran los tubos de regadío. A pesar de ello la adecuada estructura del entorno fluvial establece una barrera física frente a posibles perturbaciones. Las formaciones de meandros y el aumento de la llanura de inundación, suponen junto a la densa cubierta vegetal que rodea el cauce, una mayor complejidad de la zona. Tras la dominante fresneda durante la mayor parte del tramo, destaca una chopera en su extremo sur, donde se amplía la anchura ribereña. En este espacio se interponen tres cruces con caminos a diferentes alturas; bajo ellos se mantiene una adecuada sección sin que represente amenaza para la continuidad del corredor. El primero se encuentra al norte de Arcaya y en torno a él se mantiene la naturalidad del cauce. El segundo, hoy casi inexistente, transcurre por un antiguo y deteriorado acceso al centro rural y se observa una avanzada recuperación del espacio fluvial, aunque sin pendiente y protección en uno de sus laterales. El tercero y último, goza de una óptima situación del entorno, debido a la protección vegetal de sus accesos y la expansión de esta hacia la chopera contigua.
Subcuenca ST7 1.581 m En este tramo de gran extensión en el que los conflictos con el entorno vienen siendo los mismos que hasta ahora, agrícolas en su mayoría, destacan diferentes zonas por sus estructuras riparias. Al alejarse el cauce de Arcaya, el ancho y complejo bosque de ribera pasa a tener menor densidad y tamaño, en un tramo artificial canalizado. En este contexto los márgenes poco vegetados, espinos y zarzas mayoritariamente, y sus paredes verticales muestran una mayor vulnerabilidad frente a la erosión. Tras tomar una curva con dirección a Otazu se observa un aumento de la vegetación arbórea, que se irá acrecentando en tamaño y diversidad a medida que se acerca al pueblo. Al final del tramo, el río recupera su naturalidad en un curso sinuoso, que dispone de una compleja estructura vegetal. En este tramo y llegados a una fresneda, el enlace fluvial es obstaculizado por un destacado muro inclinado de cemento, construido en una amplia y cementada canalización, que sustenta el camino transversal A-4117 de la red vecinal.
Al llegar a Otazu se hallan dos cruces consecutivos (4x3,5 m): el cruce con la A-2130 de la red comarcal (6 m largo), y el de la carretera de entrada al pueblo (4 m largo). El enlace establecido bajo ellos consiste en un conducto artificial en el que las entradas se encuentran bien protegidas. Justo antes de ambos cruces, en el lado Oeste, se aprecia la desembocadura de un desagüe sobre el río.
Subcuenca ST8 1.308 m Se extiende desde Otazu, pasando por Gamiz, hasta Bolivar, y se caracteriza por la elevada calidad de su bosque de ribera, posiblemente el más complejo y mejor estructurado de todo el trayecto del Santo Tomás. Su diversidad e inaccesible espesura vegetal, dotan al entorno fluvial de una mayor protección ante los posibles impactos provenientes del exterior, y hacen del corredor un elemento conector más eficaz. A pesar de ello, hay zonas en este tramo donde las condiciones ribereñas son menos adecuadas. Esto es lo que sucede a su paso por el entorno rural de Otazu donde el río se encuentra en gran parte canalizado. Entrando en el pueblo y subiendo hasta la intersección con un primer camino rural asfaltado, se mantiene suficiente cobertura vegetal. El paso bajo este camino (3x2,5x6 m) se encuentra desprotegido en sus accesos, y un amplio terraplén de hormigón que comienza en las casas adyacentes alcanza la orilla del cauce. El río continúa artificialmente encauzado, limítrofe a viviendas situadas sobre el mismo margen. La maleza y algunas plantas helófitas distribuidas en islotes representan la escasa cobertura vegetal, condición que se extiende hasta el cruce con la A-3104 de la red local de carreteras, que posteriormente discurre paralela al Santo Tomás. Dicho cruce está desprotegido en su acceso sur, donde la cercanía de la carretera puede agravar la situación (3,5x2,5x5 m); 100 m más arriba se encuentra un tercer cruce bajo la entrada hacia fincas agrícolas (4,5x2x4,5). A partir de aquí el río adquiere la naturalidad que caracteriza al tramo, cuyo efecto tampón (buffer) se ve incrementado, hacia fincas agrícolas adyacentes y la carretera.
Tras salir de Otazu, el antiguo ferrocarril Vasco-Navarro, convertido hoy en zona de paseo, cruza el río a gran altura y bajo él se mantiene un estado salvaje y natural que continua a través de un cuarto cruce de entrada a fincas. Subcuenca ST10 2.247 m El cauce principal del Santo Tomás continúa con características similares a las del tramo anterior (ST8). A 350m del inicio, cruza un pequeño puente de enlace entre las huertas de los laterales bajo el cual se mantiene la continuidad ecológica. En las cercanías de Gamiz comienza a disminuir la compleja estructura vegetal de cara a un entorno rural, y las paredes se erosionan en unos márgenes de elevada pendiente. A lo largo del pueblo, el río se encuentra canalizado y algunas viviendas limitan con el mismo cauce. En un entorno desprotegido debido a la ausencia de vegetación, el cauce atraviesa, mediante un amplio paso artificial (4x2x4 m), la carretera rural de Gamiz. En el acceso sur a este paso artificial, dos desagües provenientes del pueblo desembocan sobre el río. A medida que se aleja de este punto y saliendo de Gamiz, el entorno fluvial recupera su naturalidad adentrándose en una compleja arboleda, que vuelve a albergar gran riqueza de especies vegetales. Bajo este bosque, se une al Santo Tomás un pequeño ramal, que enlaza inmediatamente con un primer cerro de quejigal. Sin embargo, el río Santo Tomás continúa su trayectoria hacia Bolivar protegido frente a impactos como la carretera adyacente, las huertas o el extenso entorno agrícola. A escasos metros de Bolivar (200 m), una entrada a fincas cercanas cruza el río sobre una amplia canalización en cuyos márgenes se mantiene la continuidad. Subiendo tras este puente, a la altura ya de Bolivar, se observa la convergencia de los ríos Mendigurena -procedente del sudeste- y Ladesa o arroyo de Arkaute -procedente del sur- formando el que hasta ahora ascendía desde Salburua: Santo Tomás. Los dos afluentes están desprotegidos y sus orillas muestran erosión a su paso por Bolivar. El Mendigurena transcurre bajo la carretera A-3104 por un túnel artificial de escasa sección, y atravesándolo se aprecia recuperación del entorno fluvial que enlaza con el quejigal del margen derecho. Por otro lado, después de pasar Bolivar, el Ladesa cruza bajo un camino rural a través de una estrecha sección artificial. A partir de aquí recupera naturalidad y continuando su recorrido en la cuenca (875 m), alcanza el frondoso bocaje de Montes de Vitoria donde nace. Subcuenca Acequia ACE1 (ST7) 1.544 m A 350 m al sur desde Arcaya, se desprende del cauce principal del Santo Tomás hacia el oeste una pequeña acequia de espesa cobertura herbácea y de zarzas, que se extiende y ramifica entre los campos agrícolas, y que al mismo tiempo enlaza con setos lineales y pozos, formando una pequeña red de conexión. En esta zanja se intercalan tuberías de pequeña sección soterradas bajo las entradas a fincas.
Subcuenca Iturgana ITU1 (ST9) 973 m A 800 m de la salida de Otazu algunas huertas y viviendas se sitúan en torno al río Santo Tomás existiendo en la zona algunos tramos canalizados. En este punto una zanja cuya anchura no supera los tres metros diverge hacia el oeste. Se trata de un arroyuelo, denominado Iturgana, poco profundo, rodeado de una espesura de zarzas y espinos y cruzado por un primer camino mediante un caño soterrado de escasa sección circular (0,5 m de diámetro). Tras pasar el camino y bordeando un primer cerro de masa forestal, desaparece la vegetación protectora y el pequeño cauce del Iturgana queda expuesto en un entorno eminentemente agrícola. Al acercarse al quejigal, el arroyo de baja cobertura en forma de matorral, atraviesa un camino mediante un segundo conducto circular (0,5 m de diámetro) y, en los últimos 200 m de entrada hacia la foresta de quejigo, se recupera una densa cobertura arbustiva.