Nach Münchshöfen ist die Münchshöfener Kultur benannt, eine jungneolithische Kultur mit dem Kerngebiet im Donauraum Bayerns, die etwa um 4500 v. Chr. begann und um 3900/3800 v. Chr. endete.
Der Ort wird im Gerichtsverzeichnis von 1599 als zur Hauptmannschaft Niederschneiding gehörend erwähnt. Später war er Teil der Obmannschaft Niederschneiding. 1808 wurde der Steuerdistrikt Münchshöfen im Landgericht Straubing geschaffen. Bei der Gemeindebildung wurde Münchshöfen 1821 der Gemeinde Niederschneiding zugeteilt.
1864 wurde in Münchshöfen ein eigenes Schulhaus erbaut. In der einklassigen Volksschule wurden die Kinder der Ortschaften Münchshöfen, Fierlbach, Großenpinning, Münchsdorf, Büchling und Neuhausen unterrichtet. In einer Lehmgrube bei Münchshöfen kam es in den Jahren 1874 bis 1876 zu den ersten Funden, aufgrund deren später die Münchshöfener Kultur benannt wurde.