První hřbitov neznámé polohy neznámého stáří, opuštěný snad v 17. století, zanikl beze stopy.
Druhý hřbitov se nachází ve střední části obce v místech, kde v minulosti bývala židovská čtvrť. Je důležitým dokladem místní židovské komunity, zmiňované již ve středověku. Založen byl ve 2. polovině 17. století. Naposledy byl zvětšen v roce 1872.
Na ploše hřbitova o rozloze 7525m2 se nachází asi 1000 kamenných náhrobků, ten nejstarší dochovaný pochází z roku 1694. Vedle barokních náhrobků jsou zde i náhrobky klasicistního typu.
Součástí hřbitova je i orientálně romantická obřadní síň s kopulí ukončenou lucernou. Je situovaná v jihovýchodním rohu při vstupu a pochází z 2. poloviny 19. století. Na průčelí nad vstupem je hebrejský nápis, citát ze Starého zákona, v překladu znějící:
„Přijde mír, odpočinou navždy v hrobech.“
Interiér zdobí malované modlitební texty v hebrejštině. V jižní stěně je zazděna pískovcová deska s hebrejským textem pojednávajícím o zrodu stavby. Pohřby zde probíhaly i po 2. světové válce.
V letech 1992 - 1993 byla obřadní síň zrestaurována a celkově obnovena. Právě zde byla dne 22. 1. 1993 uctěna památka židovských obyvatel z Podivína, deportovaných do nacistických vyhlazovacích táborů. Pietní slavnosti se zúčastnil též velvyslanec státu Izrael v ČR pan Yoel Sher.
Hřbitov je od roku 1964 chráněn jako kulturní památka.