Højrup Kirke består af et stærkt ombygget romansk skib og kor, som nu er hvidkalket og blytækt.
Altertavlen er sengotisk fløjaltertavle fra midten af 1400-årene, som har fået nogle baroktilføjninger i 1716. Midterfeltet er Kristus som verdensdommer, som flankeres af fire helgener: Sankt Jørgen, Sankt Gertrud, Sankt Katharina og Sankt Laurentius. Fløjene har de 12 apostle.
I en tidligere alterniche i nordsiden af triumfvæggen er der en kopi af en smuk Mariafigur fra omkring 1300. Et stort samtidigt korbuekrucifikser placeret på det oprindelige sted, og på nordvæggen hænger et processionskrucifiks fra begyndelsen af 1400-tallet.
Prædikestolen er et enkel renæssancearbejde fra 1582 med evangelisterne i de malede felter fra 1700-tallet, hvor den også fik lydhimmel. Døbefonten er en enkel granitfont hugget i 1933. I 2010 fik kirken sin gamle døbefont i gotlandsk marmor tilbage fra Flensborg Museum. Orgelet er fra Marcussen & Søn i Aabenraa.