La majeure partie de la superficie de la commune de la Clisse est utilisée à des fins agricoles. L'habitat est constitué de hameaux qui, pour la plupart, sont concentrés autour du centre-bourg. La rivière Arnoult et un de ses affluents, le ruisseau Primaud, délimitent la commune, respectivement au sud-ouest et au nord ; des chemins boisés, à l'est de la commune, complètent la démarcation du territoire communal. Un axe routier relativement important traverse le bourg : il s'agit de la route départementale 728, autrefois route nationale 728, qui relie Saintes à Bourcefranc-le-Chapus (et, par extension, à l'île d'Oléron).