Une première église a du être édifiée avant le 10ème siècle par des Bénédictins, les reliques de St Austrégésile assure la renommée de la communauté religieuse.
En 1089, Mouchan est donné à l’Ordre de Cluny et devient un doyenné. L’église est entièrement remaniée, construction d’un cloître, de bâtiments conventuels dans le but d’accueillir des moines bénédictins mais aussi des pèlerins car Mouchan se situe sur le chemin de pèlerinage qui relie Le Puy en Velay à St Jacques de Compostelle (Via Podensis).
Le Prieuré occupait le cœur actuel du village ce qui explique que l’église n’est pas en son centre.
En 1264, Mouchan est placé sous la protection du prieur de St Orens d’Auch.
Le prieuré eut à souffrir les rapines pendant la guerre de Cent Ans.
En 1569, les troupes protestantes investissent le prieuré, massacrent la population et détruisent le village et incendient l’église. Les moines ne se sentant plus en sécurité quittent Mouchan en 1572.
Le village est reconstruit en utilisant les pierres du prieuré.
Vers 1843 le père Jean Blain entame des travaux de restauration de l’église afin de la préserver.
Le village se transforme sous la municipalité de Bernard Faget vers 1881 avec la construction de la mairie école ; du déplacement du cimetière de la place, de la création du lavoir fontaine, de l’allée des tilleuls.
Pendant la 1ere guerre mondiale la commune va payer un lourd tribut avec 30 soldats morts au combat.
L’église est classée aux Monuments Historiques en 1921.