Le nom de la commune vient de Eligius, ministre de Dagobert. Saint Eloi est le saint patron des forgerons.
La terre de Saint Eloi fut acquise par les Ducs de Nevers en 1559, Elle suivra la destinée du Duché.
La commune aurait appartenu aux religieux de Saint Etienne de Nevers jusqu'au XVIIIe siècle.
Il n'apparait que peu d'informations concernant son Eglise sinon qu'elle a été bâtie au XIIIe siècle et remaniée au XVIIIe siècle.
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