La Sèvre Niortaise est le fleuve côtier principal qui draine le bassin sur près de 160 kilomètres (hors réseau annexe en marais mouillé). Elle prend sa source à Sepvret, à 153 mètres d’altitude dans les Deux-Sèvres et traverse ensuite le Marais poitevin avant de se jeter dans la Baie de l’Aiguillon. Ses principaux affluents rive droite sont de l’amont vers l’aval, le Chambon, l’Egray, l’Autize et la Vendée, et en rive gauche le Lambon et le Mignon.