L'origine de son nom lui vient du hameau de Juines qu'elle longe avant de rentrer dans le département de l'Essonne où elle traverse plusieurs communes : Méréville, Saint-Cyr-la-Rivière, Ormoy-la-Rivière, Étampes, Étréchy, Chamarande, Janville-sur-Juine, Bouray-sur-Juine, Lardy.
Elle rejoint l'Essonne à Ballancourt-sur-Essonne, après avoir traversé les parcs de plusieurs châteaux (Saint-Vrain, Chamarande, Mesnil Voisin...) alimenté de nombreux moulins aujourd'hui abandonnés.
Du XVe au XVIIIe siècles, elle formait avec l'Essonne et la Seine, une voie navigable, empruntée par des bateaux à fond plat qui transportaient le blé de la région naturelle de Beauce vers Paris.